Khi Thế chiến II nổ ra, nước Pháp bị quân đội Đức Quốc xã chiếm đóng, Bokassa gia nhập lực lượng "Pháp tự do" do De Gaulle lãnh đạo. Ông được thăng cấp hạ sĩ khi tham gia chiến dịch giải phóng tỉnh Provence, Pháp rồi được cho đi học lớp đào tạo sĩ quan.

Năm 1950, Bokassa sang Việt Nam, là lính lê dương trong quân đội viễn chinh Pháp và được thưởng Huân chương Bắc Đẩu bội tinh. Thời gian ở Việt Nam, ông lấy bà Nguyễn Thị Huệ rồi có một đứa con gái, đặt tên là Martine Nguyễn.